经过二十多年的发展，软件所研究生教育已形成硕士、博士、博士后多种层次的人才培养体系。雄厚的科研实力、良好的学习环境、重要的科研项目、宽松的文化氛围为研究生培养教育奠定了坚实的基础，为研究生科研实践提供了很好的平台。 软件所是经国家批准的可以招收外国留学生和港、澳、台学生的单位之一。目前已先后招收了澳门、日本、巴基斯坦、美国、法国等国家和地区的研究生和进修生。在研究生培养方面，逐步地开展国际合作与对外交流，与世界上一些国家和地区的高校或研究机构建立了密切的学术联系和合作关系，开辟了联合培养和合作研究的渠道。 目前，软件所有博士生导师有37人，硕士生导师89人。在计算机软件与理论（081202）、计算机应用技术（081203）、信息安全（081220）三个学科专业招收博士生和硕士生。 迄今为止，软件所已累计招收博士研究生622人，硕士研究生1415人，博士后104人，留学生、进修生11人。目前，在学博士生204人,硕士生286人，留学生2人，在站博士后8人。软件所现已成为我国计算机专业人才培养的重要基地之一。
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